La laguna dello Stagnone comprende le seguenti quattro isole: S. Pantaleo, S.Maria, Schola e l'Isola Grande.
All'inizio del XX secolo, Joseph Isaac Spatafora Whitaker ha scoperto che sull'isola di S. Pantaleo sorgeva l'antica Mozia, fondata dai Fenici nell'VIII sec. a.C. come centro commerciale.
Nel VI - V sec. a.C. la città ha avuto un periodo di grande prosperità, ma nel 397 a.C. fu distrutta da Dionisio il Vecchio di Siracusa.
I sopravvissuti andarono a rifugiarsi sul promontorio di Capo Boeo, dove con l'appoggio militare di Cartagine, fondarono la città di Lylibeo.
Mozia rappresenta un sito assolutamente unico nel suo genere per la presenza di resti archeologici appartenenti alla civiltà fenicio-punica.
Sull'isola possiamo trovare una varietà ornitologica come gli aironi, i fenicotterirosa le garzette, ecc...
La laguna è una vera e propria riserva naturale dove trovano l'habitat ideale le orate. le anguille, le triglie e i saraghi.
Bisogna segnalare in particolare la presenza di pesciolini come l'Aphanius fasciatus che appartengono ad una popolazione protetta.
Mozia possiede una vegetazione particolare, formata in gran parte da piante alofile (piante viventi salmastre) come la Salicornia, il Limonium e l'Atriplex.
Il fondo della laguna è coperto dalla Posidonia oceanica, pianta di garnde interesse ecologico-naturalistico, indispensabile per la protezione dei fondali marini e per la produzione di ossigeno.
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Nel VI sec. a.C. i Fenici per proteggere meglio la città, costruirono una cinta muraria di 2500 m. circa di lunghezza che percorrera tutto il perimetro dell'isola con uno spessore di circa 5 m.
La muraglia presenta a intervalli di 22 m. torri di avvistamento collegate ad un camminamento protetto dalla merlatura in pietra arrotondata alla sommità (alcuni esemplari sono esposti nel museo), caratteristica di tutte le città Fenicie. Nella parte sud dell'isola, in posizione aggettante ai bastioni, è stato scoperto un edificio militare chiamato la Casermetta.
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La porta Nord era protetta lateralmenteda due bastioni poligonali e prevedeva all'interno due file parallele di tre porte (una fila per ogni senso di marcia). Da lì parte la strada sottomarina, lunga circa 2 Km., che collega Mozia alla terraferma (Birgi), in parte distrutta dagli abitanti dell'isola. Probabilmente la parte superiore della Porta Nord era decorata dal gruppo scultoreo rappresentante, forse, due leonesse che azzannano un toro.
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Il Santuario di Cappiddazzu (Grande Cappello) era una zona sacra, delimitata da un recinto dove si innalzava un tempio, probabilmente dedicato a "Baal Hammon". Gli scavi hanno permesso di ritrovare alcuni oggetti sacri, come per esempio dei dischi in terracotta decorati, che servivano da stampi per preparare le focacce che si offrivano durante le cerimonie religiose, e anche alcune Arule, piccoli utensili in terracotta o in pietra decorati con animali domestici o fantastici, utilizzati come porta-incenso.
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I Fenici erano esperti commercianti e artigiani. Essi lavorano le materie prime, come il ferro, la ceramica, il vetro e le conchiglie, che rivendevano sotto forma di prodotti finiti. Erano celebri per la produzione della porpora ; infatti il termine "fenicio" deriva dal greco "Phoinix" che significa "colore rosso". La porpora era un prodotto considerato di lusso: per ottenere un grammo di questa colorazione occorrevano 7000 conchiglie, chiamate Murex o Lumache di mare.
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La Necropoli Arcaica risale all'VIII sec. a.C., data della fondazione della città di Mozia. Le tombe si presentano sotto tre forme: vasi in terracotta contenenti le ceneri del defunto, insieme a sei placche in tufo contenenti le ceneri, oppure sotto forma di sarcofago. Nel VI sec. a.C. la città fu protetta da una cinta muraria costruita in parte vicino alla Necropoli.
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Sull'isola e' presente un santiario , il Tophet, dove i fenici depositavano, dentro urne, i resti dei sacrifici umani e animali (pratica molto diffusa). Gli scavi hanno permesso di rilevare circa 1000 urne disposte in vari strati: due strati d'urne con accanto stele a tre strati: due strati d'urne con accanto stele a tre strati sovrapposti solamente di urne. Gli studi effettuati su questi resti hanno consentito di osservare che soltanto il 20% delle urne conteneva resti umani.
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Il Museo di Mozia porta il nome di Giuseppe Whitaker, che lo ha realizzato all'inizio del XX secolo. Contiene alcuni reperti ritrovati a Mozia, Birgi e Lilybeo (oggi Marsala). Nel Museo possiamo ammirare: ciotole, vetri, oggetti con ornamenti in metallo, ceramiche, armi, gioielli e monili. Oltre alle due importanti opere scultoree (il bassorilievo delle due leonesse che azzannano un toro e il giovane di Mozia), sono esposti oggetti sacri come stele, porta-incensi, amuleti, scarabei (questi ultimi riferibili alla magia popolare egiziana).
Attualmente il Museo presenta dodici sezioni.
La statua del Giovane di mozia e' uno dei pezzi piu' importanti: ritrovata nel 1979 nella Zona K, senza braccia e senza piedi è in marmo ed e' alta 1,81m.Rappresenta un giovane uomo , armonioso nelle sue proporzioni, in posizione eretta e rivestito da una lunga tunica pieghettata (il Chitone), che davanti è ripiegata in un ricco panneggio. L'opera scultorea, sicuramente eseguita da un grande artista greco o di cultura greca, è databile al V° sec. a.C. Ma chi è questo giovane uomo? Il Dio Apollo, personificazione del Sole, che esce dal mare? Il Dio MelKart, divinità protettrice delle colonie fenicie, rappresentato sotto forma di guerriero fiero? Un Auriga (conduttore di carri) vittorioso?
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La casa dei Mosaici, scoperta da Whitaker, è una costruzione a pianta ellenistica con un vasto cortile aperto circondato da un portico con colonne, risalente probabilmente al periodo successivo alla distruzione di Mozia. I mosaici (III sec. a.C.), realizzati con ciottoli di fiume neri e bianchi, si sviluppano come un tappeto a pannello e rappresentano un felino che assale un toro, un grifo alato che attacca un cervo, due teste di stambecchi e un cavalluccio marino.
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Il Cothon è un piccolo bacino artificiale, di forma rettangolare, con le pareti rivestite da blocchi squadrati di pietra. Era utilizzato come piccolo porto commerciale. La larghezza del canale, che immette dal bacino allo Stagnone, non permetteva l'accesso alle grandi imbarcazioni; infatti si presume che il Cothon fosse realizzato per permettere il trasporto delle merci (materie prime e prodotti finiti) delle navi, che ancoravano al largo della laguna, all'isola per mezzo di piccole imbarcazioni. La Porta Sud si trova in prossimità del Cothon. Era protetta da due bastioni poligonali (V sec. a.C.), da cui si dipartiva una strada che dava accesso al quartiere residenziale e, molto probabilmente, attraversava tutta l'isola per condurre fino alla Porta Nord.